Tương Hoàng kỳ và Chính Hoàng kỳ được tách ra từ năm 1615, khi quân đội của Tứ kỳ ban đầu (Hoàng, Lam, Hồng và Bạch) được chia thành Bát kỳ bằng cách thêm một viền ngoài vào cờ hiệu của từng kỳ và ban đầu được thống lĩnh bởi Nỗ Nhĩ Cáp Xích. Sau khi Nỗ Nhĩ Cáp Xích mất, con trai là Hoàng Thái Cực trở thành Đại Hãn và quản lý cả Tương Hoàng kỳ và Chính Hoàng kỳ. Sau đó, Thuận Trị Đế tiếp quản Chính Bạch kỳ sau khi Nhiếp chính vương Đa Nhĩ Cổn qua đời. Kể từ đó, Hoàng đế trực tiếp quản lí Thượng Tam kỳ (Tương Hoàng kỳ, Chính Hoàng kỳ và Chính Bạch kỳ), ngược lại với Hạ Ngũ kỳ; bởi vì Thượng Tam kỳ do Hoàng đế trực tiếp cai quản nên các kỳ này không có Kỳ chủ. Thê thiếp của Hoàng đế, các Thái phi của Tiên đế, các Hoàng tử chưa phân phủ và các Công chúa chưa xuất giá có Kỳ tịch nằm trong Tương Hoàng kỳ. Cận vệ của Hoàng đế và Thị vệ của Tử Cấm Thành cũng được tuyển chọn từ Thượng Tam kỳ.